El edificio Cisneros se inauguró en 2014 tras la remodelación del Cuartel del Príncipe, antiguo edificio militar situado en el casco histórico de Alcalá de Henares, construido en 1864 sobre el solar del antiguo monasterio de Santa María de Jesús o de San Diego de 1453
En 1499, el cardenal Cisneros fundó una universidad en Alcalá de Henares. Esta universidad se conoce en la historiografía de diversas formas: Universidad Complutense, Universidad Cisneriana, Universidad de Alcalá… y alcanzó, junto con la Universidad de Salamanca, un lugar preeminente entre las universidades españolas durante el Siglo de Oro. Sin embargo, entró posteriormente en un periodo de decadencia hasta que en 1836 el gobierno decretó su traslado a Madrid, pasando a denominarse Universidad Central de Madrid. Esta, en 1970, adoptó el nombre de Universidad Complutense de Madrid. La Universidad Complutense de Madrid, de acuerdo con tal trayectoria histórica, ostenta la continuidad con la universidad fundada por Cisneros en 1499