La fundación de la localidad actual se remonta a la repoblación efectuada en el Campo Charro por el rey de León Alfonso VI en la Edad Media, quedando encuadrado en la jurisdicción salmantina de La Valdobla, dentro del Reino de León.
San Muñoz es una localidad que se encuentra ubicada provincia de Salamanca, integrada dentro de la comarca del Campo de Salamanca (Campo Charro) y la subcomarca de La Huebra.
Su término municipal está formado por las entidades de población de Agustínez, Buenabarba, Gallegos de Huebra, San Muñoz y Villa Adelfa, ocupa una superficie total de 53,90 km² y según el INE en el año 2017 contaba con una población de 241 habitantes.
El topónimo San Muñoz proviene en su origen del nombre «Sancho Muñoz», que con el paso del tiempo se fue acortando hasta terminar en el actual San Muñoz. Cabe destacar el nombre del siguiente pueblo aguas abajo del río Huebra «Muñoz», que podría estar relacionado con San Muñoz al existir la teoría de que tomaría tal nombre por fundarse en tierras de algún descendiente de Sancho Muñoz que al empezar un núcleo poblacional en esa zona adoptó el mismo apellido «Muñoz».
Se han encontrado vestigios del achelense en San Muñoz, por lo que suponemos que en estos ricos valles, regados por el río Huebra, ya había grupos de humanos, probablemente nómadas que se movían con las manadas de animales de las que se alimentaban. El periodo Achelense se extiende desde 350.000 a 128.000 años antes de Cristo.
Hasta ahora se sabe poco de los pueblos prerromanos que habitaron esta zona de San Muñoz, aunque por la proximidad del castro de Yecla la Vieja, creemos que estaría habitada por los vetones y que más tarde pudo haber algunas villas romanas y visigodas. Estas villas quedarían a partir del siglo viii sin los señores, que se irían al norte después de la invasión árabe para encontrar protección de los reyes cristianos. Las villas y sus tierras quedarían en manos de los campesinos que las cuidaban.
No obstante, la fundación de la localidad actual se remonta a la repoblación efectuada en el Campo Charro por el rey de León Alfonso VI en la Edad Media, quedando encuadrado en la jurisdicción salmantina de La Valdobla, dentro del Reino de León. Esta circunscripción fue creada por la Constitución de Inocencio IV de 1245, que estructura el Cabildo Catedral de Salamanca, y erige una jurisdicción nullius que otorga exclusivamente a la institución Capitular: el denominado Arciprestazgo (o Abadengo) de la Valdobla, en torno a la cuenca alta del Río Huebra y del cual San Muñoz se convierte en su cabeza. Esta institución conformaba una suerte de territorio separado de jurisdicción ordinaria del Deán y Cabildo de Salamanca, que nombraba visitadores cada dos años. Posteriormente, se alternó la jurisdicción con el obispo cada seis años hasta su disolución en 1866.
Más tarde, ya en el siglo xv, San Muñoz pasó a conformar un señorío secular (manteniéndose el espiritual del Cabildo), que estuvo en manos de la familia Benavides durante varias generaciones.
Ocupación francesa
Guerra de la Independencia 1808-1814 San Muñoz de Huebra (Salamanca) Aunque la guerra en España sería casi siete años más tarde, en 1801 ya hubo movimiento de tropas francesas en San Muñoz (Salamanca). Las primeras tropas francesas en llegar serán el Cuerpo Expedicionario de la Gironda, al mando del General Lecrec con destino a Salamanca y Ciudad Rodrigo en 1801, que contaba aproximadamente con 7000 soldados.