Los restos mortales de Isidoro se encuentran actualmente en la Basílica de San Isidoro de León, adonde fueron trasladados desde su sepulcro en Sevilla en 1063; ese año el monarca leonés Fernando I comisionó a los obispos Alvito de León y Ordoño de Astorga para obtener las reliquias del rey de la taifa de Sevilla, Al-Mutadid, tributario suyo. Existen también algunas reliquias suyas en la catedral de Murcia.
Según cuenta la leyenda, en 1063 Fernando I guerreó por tierras de Badajoz y Sevilla, e hizo tributario suyo al rey taifa de Sevilla. De él consigue la entrega de las reliquias de Santa Justa, pero cuando su embajada llega a Sevilla a recogerlas, no las encuentra. Sin embargo, una vez en Sevilla, el obispo de León, miembro de la embajada, tiene una visión mientras duerme, gracias a lo cual encuentran milagrosamente las reliquias de San Isidoro. El retorno se hace por la Vía de la Plata. Cerca ya de León, la embajada se interna en tierras pantanosas, sin que los caballos puedan avanzar.
Al taparles los ojos a los caballos, éstos salen adelante dirigiéndose hacia la recién construida iglesia de los Santos Juan y Pelayo, que desde entonces se llamará de San Isidoro.
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La Leyenda del descubrimiento del cuerpo de San Isidoro
En los tiempos en los que los reinos musulmanes estaban en constantes guerras los reinos de León y Castilla, subió al trono de Sevilla Almothadi a la muerte de su padre Abul Kasim Abbas.
Almothadi era muy sagaz y sensanto en lo que a política se refiere, lo que demostró entablando negociaciones con el Rey Fernando I. Almothadi envió al rey de León Don Fernando I, ricos regalos para consolidar las buenas relaciones entre los reinos lo que, fue del agrado de la corte que, en aquellos momentos,le , la corte de León era pobre a causa de las guerras.
Fernando I pidió al monarca sevillano, si fuera posible recuperar, para la España cristiana, las reliquias de las Santas Justa y Rufina, y llevárselas para León.
Almotahdi accedió, pero aclarando que ignoraba donde estarían las reliquias. Don Fernando le comentó que posiblemente estarían en algún subsuelo de alguna iglesia visigoda de la capital sevillana. Entonces el Rey sevillano, Almothadi le dijo a Don Fernando que mandara a gente cristiana para que buscaran ellos mismos.
El rey mandó a Alvito, obispo de León, acompañado de caballeros y de monjes a Sevilla y estuvieron examinando iglesias y templos buscando las reliquias durante todo un año. Desalentados, cansados y desilusionados planificaron su regreso a León.
Cuenta la leyenda que en el día en el que iban a volver a León, se le apareció en sueños al obispo, un hombre vestido con una túnica blanca y una mitra en la cabeza, diciendo que él era el obispo de Sevilla, San Isidoro, y que Dios le había dado el gozo de que encontrara sus restos y los enviara a León.
Sorprendente lo siguiente que le dijo fue , que moriría en un plazo de tres días y que no podría terminar la misión. Por último la aparición le dijo dónde podía encontrar su cuerpo.
A la mañana siguiente el obispo contó todo lo que le había sucedido y todos fueron al lugar que le habían dicho en sueños. Excavaron y encontraron una 
losa a poca profundidad y bajo ella un ataúd que, al abrirlo, vieron que contenía el cuerpo incorrupto de San Isidoro amortajado.
Mandaron hacer dos ataúdes de ricas maderas. En uno de ellos colocaron los restos de San Isidoro y en el otro el de D. Alvito, obispo de León que, como le dijo la aparición, murió a los tres días. En la explanada interior de la puerta de la Macarena, el Rey Almotahdi despidió a los monjes y a los caballeros, y cuando pasó el ataúd de San Isidoro se arrodilló ante él, lo beso y dijo:
“Sevilla vale menos desde que tú no estás”. Una vez dicho esto, marchó hacia los Alcázares pensativo.
Lo que no se sabe es donde se halló el cuerpo de San Isidoro. Unos dicen que en Santiponce, otros que en la catedral, para otros en la Iglesia de San Vicente etc…
San Millán el patrono de Castilla
Por el Juglar del Cid sabemos que Alfonso VI invocaba habitualmente, no a Santiago, sino a San Isidoro. Sin embargo, San Isidoro, patrono del Reino de León, será desplazado pronto por Santiago. Y, tras la unión de León y Castilla, se impondrá igualmente sobre Castilla el patrocinio de Santiago; esto, no sin oposición castellana. Así, en tiempos de Enrique II (1.373), la Universidad de Ciudad y Tierra de Avila llegó a negarse a pagar el voto a Santiago, y sus procuradores llevaron el asunto a las Cortes. Los castellanos pagaban el Voto a San Millán. El patrocinio de Santiago se hace general con la España Imperial y sus guerras «divinales» contra indios, turcos y herejes.
Todavía en el siglo XVII, cuando se desarrolle un amplio debate sobre patronos, San Millán volverá a ser proclamado Patrón de Castilla, y, por lo mismo, co-patrono de España. Así se le puede encontrar en los misales anteriores a la moderna reforma litúrgica del concilio Vaticano II.
Texto: Wikipedia, http://www.celtiberia.net, y http://sevillamisteriosyleyendas.blogspot.com.es
